Különleges festéseket a rutin H-E festéssel nem vagy nehezen kimutatható szöveti alkotóelemek, kórokozók stb. láthatóvá tétele érdekében veszünk igénybe. Elsősorban a dermatopatológiai vizsgálatokban alkalmazzuk gyakran a PAS-festést, amellyel az alaphártya halvány pirosra festődik, a gombák nagy része pedig halványabb vagy élénkebb vörös színben tűnik elő. Elsősorban a hízósejtek granulumainak feltüntetésére használjuk a Giemsa-festést, de egyes paraziták kimutatására is alkalmas. Gyakrabban alkalmazott festéseink még a kongóvörös (amyloid), a Ziehl-Neelsen (sav- és alkoholálló baktériumok), a Brown-Brenn (baktériumok, szöveti Gram-festés), a Grocott-féle ezüstimpregnáció (gombák). Speciális esetekben elméletileg bármely, a kórszövettani diagnosztikában korábban leírt festés igénybevételére lehetőségünk van.